当寺は日蓮宗正悦山妙行寺といい、昔は此の地より二丁程東方にありて、正起山本行寺といい真言宗の大伽羅地なり。

永人二年日蓮宗の僧日像菩薩京都弘通の為御通行の折受法し、日蓮宗に改宗す。その後堂宇悉く焼失し、年経て天文年間日勢上人正悦山妙行寺と改め再建す。今の山号寺号なり。

加藤清正公が「蛇の目」と「桔梗」との二つの紋を併用するようになったのは、天正十六年五月、肥後半国に封ぜられてからである。